Las manchas negativas no colorean las células porque la pared celular de las bacterias repele el tinte. Los tintes utilizados para las tinturas negativas son ácidos y no penetran en las paredes celulares con carga negativa. Debido a esto, solo se coloreará el fondo de la diapositiva.
La principal ventaja de utilizar una tinción negativa sobre una tinción positiva es que se pueden realizar tinciones negativas sin tener que fijar la muestra en caliente, lo que permite que la muestra se conserve lo más posible sin distorsiones. Al utilizar este procedimiento, la morfología, la disposición y el tamaño de las bacterias se conservan y se pueden determinar con mayor precisión.
