Truman tomó la decisión de lanzar bombas atómicas en Nagasaki y Hiroshima en agosto de 1945 para poner fin a la parte del Pacífico de la Segunda Guerra Mundial. Se cree que esto también fue una demostración de Poder a la URSS, abriendo la Guerra Fría.
Después de la rendición de Alemania en 1945, Truman se enfrentó con el fin de la guerra en el Pacífico. Japón fue excavado, anticipando una invasión de tierras. El secretario de guerra de los Estados Unidos, Henry Stimson, estimó más tarde que habría costado un millón o más de bajas estadounidenses para desalojarlos, casi tantos como la guerra ya había producido. Además, estimó que hasta dos millones de japoneses morirían en la defensa.
Cuando el Proyecto Manhattan dio como resultado una prueba exitosa en julio, Truman decidió mostrarle a Japón que una invasión de tierras era innecesaria. Primero les ofreció la oportunidad de una rendición incondicional. Cuando se negaron, ordenó al ejército que lanzara la primera bomba, Fat Man, en Hiroshima el 6 de agosto. La Unión Soviética, liberada de su lucha en Europa, declaró la guerra a Japón el 8 de agosto, invadiendo y abrumando a las fuerzas japonesas Manchuria. La bomba Little Boy, la única otra bomba atómica de los EE. UU., Fue lanzada sobre Nagasaki el 9 de agosto.
El 10 de agosto, el emperador Hirohito se ofreció a rendirse. No más de un mes después, el 2 de septiembre, los japoneses firmaron su rendición formal a bordo de los EE. UU. Missouri en la bahía de Tokio.