El presidente Lincoln suspendió el recurso de hábeas corpus en un esfuerzo por proteger la seguridad pública y reducir el potencial de rebelión. Había muchas personas en Maryland que simpatizaban con el ejército confederado. Maryland fue estratégicamente importante porque todas las líneas de suministro y comunicación por tierra pasaron por Baltimore.
El presidente Abraham Lincoln emitió su orden al general Winfield Scott el 27 de abril de 1861 como un medio para proteger las líneas ferroviarias vulnerables. Las lealtades de Maryland al gobierno federal eran inciertas, y el presidente ordenó el arresto de varios miembros de la legislatura de Maryland que tenían simpatías de la Confederación.
John Merryman, de Cockeysville, Maryland, fue arrestado por reclutar y entrenar a soldados confederados. El abogado de John Merryman solicitó a la corte federal una orden de habeas corpus, y la orden fue otorgada por el Presidente del Tribunal Supremo Roger Brooke Taney. Su orden de comparecer ante el tribunal fue ignorada por los oficiales militares que mantenían a John Merryman prisionero. El presidente del tribunal, Taney, declaró inconstitucional la suspensión cuando emitió su opinión, afirmando que solo el Congreso tenía la autoridad para suspender el recurso de habeas corpus. La proclamación del presidente Lincoln el 24 de septiembre de 1862 amplió su orden de suspensión anterior para incluir a todos los estados del país y permitió el arresto de cualquiera que criticara el esfuerzo de guerra de la Unión, incluidos los editores de periódicos. Además de proteger áreas estratégicamente sensibles, la suspensión del recurso también permitió al gobierno juzgar a personas en un tribunal militar.
