Las algas y los protozoos están en el mismo reino, Protista, porque la creación inicial de este reino se hizo sobre la base de una semejanza superficial, y estos organismos eucarióticos y en gran parte unicelulares parecían parecerse entre sí más que ningún otro otro grupo. Los tres grupos principales de protistas (protozoos, algas y mohos de limo) no están especialmente relacionados. Las levaduras, a pesar de ser eucariotas unicelulares, se clasifican como hongos, no protistas.
Protista es realmente un reino de organismos que no encaja dentro de ninguno de los otros reinos establecidos. Si bien su carácter general es de organismos unicelulares con un núcleo, en él se incluyen muchas especies multicelulares, particularmente algas. Los moldes de limo, otro grupo no relacionado, a veces crecen como células macroscópicas gigantes y gigantes con millones de núcleos, según el Herbario Intermountain en la Universidad del Estado de Utah. Los protistas se definen más por lo que no son que por lo que son, y esta definición es controvertida.
La clasificación de las algas está particularmente disputada. Las algas incluyen la mayoría de los protistas fotosintéticos, pero algunos grupos, como los dinoflagelados, en realidad están más estrechamente relacionados con los protozoos que con las algas, como las algas marinas. Además, la distinción entre muchos tipos de algas, particularmente algas multicelulares, y plantas no está muy bien definida, y algunos científicos proponen que deben agruparse aparte de los protozoos.
