Las amebas pertenecen al dominio eukarya, el reino protista, el protozoo phyllum, la clase rhizopoda, el orden amoebida y la familia amoebidae. Esta es la clasificación científica del género amoeba, que incluye muchas Especies de ameba.
La clasificación de los seres vivos en biología se llama taxonomía, nomenclatura o esquema. Amoeba proteus es un ejemplo representativo de la especie, cuyos miembros se caracterizan por una forma amorfa y un método de propulsión facilitado por una característica llamada pseudópodo. Esta característica de la ameba también es instrumental para la alimentación. Todos los protistas, incluida la ameba, son animales unicelulares que contienen un núcleo.
Específicamente, las amebas son parte del phebo Amoebozoa, como lo describió Max Lühe en 1913. En 2002-2003, fueron colocados en el reino Protozoa por Thomas Cavalier-Smith. También se clasifican bajo el dominio Eukaryota, según lo descrito en 1998 por Cavalier-Smith. La especie o género fue descrita por primera vez en 1822 por Bory de Saint-Vincent y luego se agregó a la familia Amoebidae. Hay cuatro subespecies principales de amebas identificadas a partir de 2014.
