Los hipopótamos están en peligro principalmente porque los cazadores furtivos los cazan por su carne y el marfil en sus dientes. Otras amenazas son la pérdida de hábitat debido a la invasión de los asentamientos humanos y el desvío del agua de los ríos para la agricultura.
La carne de hipopótamo se vende en el mercado negro como un manjar. El comercio de marfil de hipopótamos aumentó considerablemente después de la prohibición internacional del comercio de marfil de elefante en 1989. Aunque la mayoría de las poblaciones de hipopótamos habitan áreas protegidas como parques nacionales, áreas de conservación, reservas de caza y santuarios, los cazadores furtivos cazan hipopótamos en áreas donde hay civiles. la inestabilidad o la aplicación de la ley es mínima. Por ejemplo, en la década de 1970, la Sociedad Zoológica de Frankfurt estimó que la población de hipopótamos en el Parque Nacional Virunga en la República Democrática del Congo era de unos 30.000. Durante la Segunda Guerra del Congo, que duró de 1998 a 2003, los soldados congoleños, los rebeldes Mai-Mai y otros grupos de milicianos mataron indiscriminadamente a los hipopótamos, de modo que para 2006 solo quedaban unos 600 en el parque.
El aumento de los asentamientos humanos y el desarrollo cerca de las áreas de agua dulce habitadas por hipopótamos da lugar a choques entre hipopótamos y humanos, ya que los hipopótamos son animales extremadamente agresivos por naturaleza. Los humanos luego toman represalias matando poblaciones de hipopótamos. Cuando los niveles de ríos y humedales caen debido al riego de las tierras de cultivo, esto afecta negativamente a los hábitats de los hipopótamos. El problema se agrava en épocas de sequía.
