Puede ser difícil determinar la cantidad exacta de lémures que quedan en el mundo, ya que las nuevas especies se descubren continuamente. Sin embargo, la mayoría de las especies se consideran en peligro de extinción y críticamente en peligro y una especie está cerca de la extinción.
Los lémures se encuentran entre las especies de mamíferos más amenazadas del mundo, según una revisión realizada por la Comisión Internacional de Supervivencia de Especies de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza en 2012. Una especie, el lémur deportivo del norte, está tan cerca de la extinción que solo 18 individuos permanecen en la naturaleza. De las 103 especies de lémures conocidas en el mundo, 93 enfrentan algún nivel de amenaza. De estas 93 especies amenazadas, 19 están clasificadas como "Vulnerables", 52 están clasificadas como "En peligro" y 23 se describen como "En peligro crítico", lo que significa que son especialmente vulnerables a la extinción. Sólo tres especies no se consideran en peligro de extinción.
En 2005, 41 especies de lémures se consideraron "Vulnerables", "En peligro" o "En peligro crítico". El fuerte aumento en las cifras de 2012 se debe a dos factores importantes: el aumento de los niveles de amenaza y el descubrimiento de varias nuevas especies de lemur.
La mayor amenaza para los lémures es la destrucción del hábitat. Su hábitat se limita a la isla de Madagascar. Las selvas tropicales donde viven están amenazadas por la tala ilegal, la minería ilegal y los problemas políticos. Los lémures también enfrentan amenazas de cazadores furtivos.
Aunque muchas especies enfrentan amenazas importantes, algunas especies han experimentado una recuperación. Por ejemplo, la mayor población de lémures de bambú aumentó de 100 a 500 individuos.
