El principal problema asociado con el ecoturismo es el hecho de que cuando más personas visitan un ecosistema frágil, aumenta la probabilidad de daños a ese ecosistema. Además, el ecoturismo puede distorsionar las economías locales, causar una inflación local masiva y hacer que los pueblos indígenas abandonen los medios de vida tradicionales en favor de los empleos de la industria de servicios.
El ecoturismo puede ser una herramienta valiosa para preservar plantas y animales en peligro de extinción. La atención mundial que brinda el ecoturismo puede aumentar el conocimiento de las especies al borde del abismo y los visitantes pueden aportar fondos muy necesarios para los programas de conservación. Sin embargo, a medida que aumentan los dólares del turismo, también lo hace la amenaza al medio ambiente.
La gran cantidad de visitantes puede causar problemas con el agotamiento de los recursos y la contaminación. La necesidad de crear senderos e instalaciones para los visitantes puede dañar los hábitats y alejar a los animales de sus hogares. Los guías sin licencia o mal capacitados pueden llevar a los visitantes a áreas frágiles sin preocuparse por la vida silvestre, lo que aumenta el riesgo de daños. En algunos casos, las especies en el centro de la atracción del ecoturismo pueden convertirse en objetivos de robo y contrabando, proporcionando mascotas del mercado negro para extranjeros ricos.
El ecoturismo también puede tener un efecto negativo en las economías locales. Las empresas que prestan servicios turísticos pueden ofrecer mejores empleos que las ocupaciones tradicionales en la comunidad, privando a las ciudades y pueblos de los servicios que puedan necesitar. En áreas primitivas, esto puede distorsionar la economía local en la medida en que las comunidades no puedan sobrevivir sin un flujo constante de dinero y recursos.
