Algunos ejemplos de bacterias anaerobias facultativas son la salmonela y la E. coli. Las bacterias anaerobias facultativas son miembros de las familias taxonómicas Enterobacteriaceae, Vibrionaceae y Pasteurellaceae. Muchas de las especies en estas familias son patógenos en humanos, otros animales o plantas.
Las bacterias anaeróbicas facultativas son capaces tanto de la respiración aeróbica como de la fermentación o la respiración anaeróbica. Muchos organismos, además de las bacterias, son anaerobios facultativos e incluyen algunos hongos y gusanos poliquetos. Las bacterias anaerobias faculativas son ubicuas y comunes en el suelo, el agua y los organismos. No todas las especies causan enfermedades, pero son parte de la flora intestinal normal de los animales. Algunas especies, como la E. coli, son a menudo inofensivas.
Enterobacteriaceae es la familia que contiene la bacteria común transmitida por los alimentos salmonella y E. coli, junto con muchos otros grupos de patógenos peligrosos. Las especies de Vibrionaceae incluyen el vibrio cólera, una enfermedad mortal que se transmite a través de aguas residuales y alimentos contaminados. Esta especie hace que se liberen grandes cantidades de agua en los intestinos, lo que lleva a una rápida deshidratación. Vibrionaceae también incluye photobacterium, un grupo que produce luz y se puede encontrar en los órganos productores de luz de algunos peces de aguas profundas. Pasteurellaceae incluye especies de pastuerella, que son patógenos comunes de los animales domésticos, así como hemófilos, que son comunes en el tracto respiratorio superior y requieren un componente de hemoglobina para sobrevivir.