La limpieza profunda detiene la progresión de la enfermedad periodontal, previene el deterioro del hueso y el tejido que soporta los dientes y alienta el recrecimiento de las encías. Una limpieza profunda no es lo mismo que una limpieza dental de rutina, y solo es beneficiosa para pacientes con enfermedad de las encías o placa que se ha detectado debajo de la encía.
Las bacterias y la placa y el sarro resultantes que se forman en los dientes que no se eliminan a través de una limpieza dental regular se abren paso por debajo de la línea de las encías, causando una inflamación que hace que las encías se separen de los dientes, creando bolsas. Estas bolsas atrapan los alimentos y las bacterias, lo que agrava el problema a medida que la infección y la inflamación se abren camino hacia la raíz del diente y el hueso que soporta el diente.
Durante la limpieza profunda, cepillado y descamación, ya sea con una herramienta de raspado o con una herramienta ultrasónica, se eliminan las bacterias, la placa y el sarro desde las encías y el diente hasta sus raíces. Esto deja una superficie lisa en el diente para que las encías se vuelvan a unir. Se prescriben antibióticos para su uso antes y después del procedimiento, o se puede dejar un pedazo de fibra antibiótica entre las encías y los dientes para tratar la infección existente y prevenir la infección de cualquier bacteria que ingrese al torrente sanguíneo durante la limpieza profunda.