La principal diferencia entre los protistas y los moneranos es que los protistas son eucariotas, mientras que los moneranos son procariotas. Los protistas, como las amebas, están más relacionados con los humanos que los moneranos, como las bacterias.
Tanto los moneranos como los protistas son organismos unicelulares, pero sus similitudes terminan en gran medida al nivel de la anatomía general. Monera es un grupo que incluye todas las bacterias verdaderas, mientras que el Kingdom Protista contiene algas unicelulares, amebas y paramecios. Los protistas tienen membranas exteriores relativamente simples y paredes celulares igualmente simples o ausentes. Los moneranos tienen paredes celulares químicamente complejas y, con muy pocas excepciones, no poseen los cilios, flagelos o pseudópodos comunes entre los protistas. Los protistas tienen núcleos de células discretas que contienen ADN orientado linealmente organizado en múltiples cromosomas. Los moneranos no tienen núcleo, y su ADN se organiza como un único cromosoma en forma de anillo. Los protistas, como es el caso de todos los eucariotas, llevan a cabo la síntesis de proteínas con la ayuda de distintos componentes celulares llamados orgánulos, de los que carecen por completo los moneranos. Los protistas pueden reproducirse sexualmente o asexualmente, dependiendo de las especies y el medio ambiente, mientras que los moneranos generalmente se reproducen asexualmente mediante fisión binaria. Monera es, con mucho, el reino de vida más grande y diverso, mientras que los protistas mantienen una relativa similitud en química, anatomía y comportamiento.
