Una de las mayores desventajas de la energía hidroeléctrica es la mayor perturbación que causa la represa de un río a las personas, los animales y el hábitat circundantes. Otro problema es que las represas y las centrales hidroeléctricas tardan muchos años en construirse y son increíblemente caras, aunque solo tienen costos mínimos una vez que se completan. El agua debe ser abundante en el área y los estándares de mantenimiento deben ser estrictos.
La capacidad de una central hidroeléctrica para generar electricidad depende completamente del flujo de agua, por lo que requiere una ubicación con precipitación regular. Si no llueve lo suficiente cada año para llenar continuamente el reservorio creado por la presa, la central hidroeléctrica no puede generar electricidad continuamente.
Cuando un área se inunda después de la construcción de una represa, los árboles y otras plantas en esa área mueren rápidamente y comienzan a descomponerse. Cuando esto sucede, el metano y el dióxido de carbono se liberan en el depósito y, finalmente, en la atmósfera. La presa también causa otro problema cuando el agua recoge el nitrógeno agregado que fluye a través de ella, que puede ser tóxico para los peces y provocar la muerte de las poblaciones marinas.
Las represas también representan un gran riesgo si se rompen o son destruidas, lo que enviaría una enorme pared de agua y destruiría todo lo que se encuentre río abajo.
