La contaminación de fuentes no puntuales incluye productos químicos agrícolas, desechos animales y escorrentía urbana. A diferencia de la contaminación que se origina en una sola fuente, como una fábrica, la contaminación de fuentes no puntuales proviene de muchos lugares diferentes. El agua de escorrentía de las tormentas lleva los contaminantes a los arroyos, lagos y ríos.
Según la EPA, la contaminación de fuentes no puntuales fue la causa principal de problemas con la calidad del agua en 2010. Cada individuo desempeña un papel en la contaminación de fuentes no puntuales, a menudo sin darse cuenta. Los agricultores que aplican demasiado fertilizante, demasiado herbicida o demasiados otros productos químicos a sus cultivos aumentan la contaminación en las corrientes cercanas. Los residuos ganaderos aumentan la contaminación química y bacteriana.
En áreas urbanas, muchos tipos de contaminación de fuentes no puntuales afectan las aguas superficiales. El uso inadecuado de productos químicos para el césped también juega un papel en el problema. Las fugas de aceite o combustible de los vehículos se lavan en los arroyos. Nueva construcción aumenta el suelo y los sedimentos en los arroyos. Los dueños de mascotas que no limpian los desechos de las mascotas permiten que disminuya la calidad del agua.
La contaminación de fuentes no puntuales agrega sedimentos, nutrientes, toxinas, productos químicos y patógenos al agua que contamina. Puede transformar una corriente viva en una que ya no puede soportar la vida. El control de la contaminación de fuentes no puntuales requiere un esfuerzo unificado por parte de todos los que contribuyen a ella.