Las ventajas de la clonación de plantas son: reproduce plantas resistentes a enfermedades, acelera la reproducción en plantas y reproduce plantas con alto valor nutricional. Las desventajas de la clonación de plantas son: es costoso, requiere habilidades especiales, reproduce plantas genéticamente idénticas y las plantas reproducidas a través de la clonación tienen una vida útil corta.
La clonación de plantas acelera la reproducción porque las plantas no tienen que pasar por el proceso de formación de gametos para que ocurra la fertilización. También permite a los agricultores cultivar plantas resistentes a las enfermedades, que minimizan el uso de pesticidas y herbicidas y minimizan la pérdida económica en caso de brotes de enfermedades. Las plantas producidas a través de la clonación se mejoran en términos de su calidad y valor nutricional. Estas plantas se prueban para mantener rasgos útiles entre ellas, asegurando que su valor nutricional se mantenga y mejore con el tiempo.
La clonación de plantas es un proceso costoso que requiere mano de obra calificada, tecnología moderna, equipo especializado y suministros exclusivos, como hormonas de enraizamiento, medios de crecimiento especiales para facilitar el cultivo de tejidos y portainjertos específicos para usar en injertos. La clonación también produce plantas genéticamente idénticas, por lo que la diversidad de plantas se pierde y, en caso de brotes de enfermedades, es probable que todas las plantas clonadas se vean afectadas. Las plantas reproducidas a través de la clonación también tienen una vida útil corta en comparación con las producidas a través del proceso de fertilización normal.