El trabajo del sistema inmunológico es defender al cuerpo contra los organismos infecciosos y otros intrusos. Esto ocurre principalmente a través de las acciones de los glóbulos blancos. Los fagocitos destruyen las células y los organismos no nativos, mientras que los linfocitos aprenden de las infecciones y permiten que el cuerpo combata infecciones repetidas con mayor facilidad. La inmunización utiliza linfocitos para aumentar la defensa del cuerpo contra la enfermedad al entrenar a las células para que se centren en las células infecciosas debilitadas o muertas.
Muchos de los síntomas de la enfermedad que los pacientes asocian con un virus en particular o una infección bacteriana son, de hecho, el propio sistema inmunológico del cuerpo que intenta librar al sistema del intruso. Por ejemplo, cuando el cuerpo detecta el resfriado común del rinovirus, dispara las membranas para producir un exceso de moco para prevenir más intrusos y eliminar las que ya están en el cuerpo. El aumento de la temperatura corporal ayuda a dañar los microorganismos invasores, y una mayor respuesta a la tos ayuda a despejar los pulmones. Incluso los síntomas de la diarrea son una respuesta inmune, un intento de eliminar posibles contaminantes del sistema digestivo.
El sistema inmunológico del cuerpo también puede ser un obstáculo, en algunos casos. Algunas enfermedades y alergias son causadas por un sistema inmune hiperactivo, dirigido a las propias células del cuerpo o intrusos relativamente inofensivos en lugar de patógenos potenciales. La artritis reumatoide, por ejemplo, es causada por el sistema inmunológico que ataca las articulaciones y causa daños.