Los hongos son beneficiosos para los humanos como fuentes de alimento y como apoyo esencial para otros tipos de alimentos. Crean medicamentos importantes e incluso se utilizan como insecticidas biológicos. También son descomponedores vitales, o saprotrofos, que descomponen los desechos orgánicos en formas más útiles.
Entre el 80 y el 90 por ciento de los árboles y las gramíneas no pueden sobrevivir sin una relación simbiótica con los hongos en el suelo. Esto hace que los hongos sean esenciales para el cultivo de una gran mayoría de cultivos alimenticios, incluso cuando no se consumen directamente.
Los hongos también pueden proteger los cultivos alimenticios al actuar como patógenos para los insectos plaga. Las especies de hongos que hacen esto han evolucionado para atacar solo ciertas especies de insectos y dejar las plantas ilesas. Crecen a través de los cuerpos de los insectos y eventualmente emergen para propagar sus esporas a otros insectos.
Los hongos también son importantes para el procesamiento de alimentos y son ingredientes esenciales en ciertos tipos de queso y en la fabricación de pan y la fermentación del alcohol. La coloración azul en el queso azul es un tipo de hongo.
Los hongos también son una fuente importante de antibióticos, inmunosupresores, precursores de esteroides y sustancias que detienen el sangrado. Los hongos son útiles para la investigación porque crecen fácilmente, como las bacterias, pero están mucho más cerca de la estructura celular y la genética de los humanos.