Los hongos se reproducen de una de dos maneras: asexualmente a través de la mitosis, o sexualmente a través de la meiosis. La reproducción sexual es mucho menos frecuente que la producción asexual y generalmente solo cuando es necesario para adaptarse al cambio ambiental. >
La reproducción asexual se produce a través de esporas vegetativas, a través de la fragmentación del micelio o de la brotación.
La reproducción vegetativa se produce cuando una sola célula haploide produce millones de esporas a través de la mitosis que son genéticamente idénticas a la célula original. Estas esporas se incuban dentro de una estructura llamada esporangio y se dispersan a través de una variedad de medios, como ser cargado por el viento, adherirse a otros organismos e incluso flotar en el agua. Una vez que estas esporas encuentran un entorno viable, comienzan a crecer y reproducirse.
La fragmentación micelial se produce cuando el hongo se descompone en muchos fragmentos separados y cada uno de estos crece en un nuevo organismo que es genéticamente idéntico al original.
A diferencia de la mayoría de los hongos, la levadura utiliza un método de reproducción asexual diferente, conocido como brote, en el que se forma una descendencia de la célula original.
Debido a la necesidad de adaptarse a nuevos entornos, la mayoría de los hongos también tienen la capacidad de reproducirse sexualmente, a través de la meiosis. Este proceso involucra dos cepas diferentes de células haploides que se fusionan para crear una espora diploide, conocida como zygospore. La descendencia resultante contiene características genéticas de ambos padres.