El nombramiento de las bacterias se realiza de acuerdo con el sistema binomial introducido por Carl Linnaeus. Una bacteria tiene un nombre de género, que indica el género al que pertenece, y un epíteto de especie. Los epítetos identifican unidades subordinadas dentro de un género. El nombre del género y el epíteto de la especie juntos forman el nombre científico, o el nombre de la especie, de la bacteria. El nombre se forma usando palabras griegas latinas o latinizadas.
El "Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias" es el libro que contiene las estrictas reglas internacionales para la denominación de bacterias. Antes de aceptar un nombre propuesto para una especie de bacteria, las reglas requieren la publicación de un documento científico sobre la especie y la aprobación del documento por un comité internacional de taxonomía. El nombre científico siempre está escrito en cursiva. La denominación de un género bacteriano a menudo se simplifica mediante el uso de nombres triviales, que no están escritos en cursiva o con una primera letra mayúscula. Lactobacilos, estafilococos, micobacterias, salmonela y estreptococos son algunos nombres triviales. Nunca use el nombre trivial de un género completo para referirse a una especie bacteriana específica. A veces es esencial dividir una especie bacteriana en subespecies. Un epíteto de subespecie se utiliza para introducir una subespecie. El epíteto se indica escribiendo ssp. o subsp. delante de él.
