Protozoos se mueven por extensión celular, flagelos y cilios; el método de movimiento está determinado por el tipo de organismo y el ambiente circundante. Los protozoos se clasifican en tres grupos: ciliados, amebas y flagelados. Los ciliados se mueven utilizando diminutos cilios, los flagelados se mueven a través del agua utilizando flagelos como remos y paletas y las amebas se arrastran a lo largo de las superficies extendiendo partes de sus células.
Los ciliados forman el grupo más grande de protozoos. Estos organismos varían en tamaño y, a menudo, viven en ambientes acuosos, que incluyen océanos, marismas, bahías y arroyos. Estos organismos contienen estructuras especiales, llamadas cilios, que son esencialmente pequeñas hebras similares a pelos que actúan como sensores y extremidades diminutas. Los ciliados tienen varios cientos de cilios, que cubren sus cuerpos. Los ciliados transportados por el agua usan sus cilios para moverse a través del agua al golpearlos en patrones rítmicos en un movimiento que se asemeja a los golpes de remos. Los flagelados también viven principalmente en el agua y usan sus flagelos de cola larga para moverse a través del agua. Estos flagelos actúan como timones ayudando a estabilizar los flagelos cuando se mueven. Los movimientos de los ciliados y flagelados son bastante diferentes de las amebas, que tienen membranas celulares flexibles que actúan como pies. Las amebas cruzan las superficies estirando, doblando y curvando estas estructuras celulares, que se abultan hacia afuera para ayudar a las amebas a moverse en sus entornos.
