Hay varias formas de contar las colonias de bacterias que crecen en una placa de Petri, desde un simple conteo a mano hasta una maquinaria compleja diseñada para medir electrónicamente el crecimiento de colonias Dependiendo de la cantidad de placas de Petri que se deben contar y de la frecuencia con la que se realizan las mediciones, los diferentes usuarios se beneficiarán de los diferentes métodos de conteo.
El conteo a mano es apropiado para la mayoría de las configuraciones de laboratorio, ya que el único recurso requerido es el tiempo. Es a la vez económico y fácil; Cualquier persona capaz de contar y registrar los puntos observados en la placa de Petri es capaz de contar colonias a través de este método. Existen algunas herramientas simples, que incluyen marcadores y contadores operados por clics manuales, que pueden ayudar en el proceso de grabación. La desventaja de contar a mano es que consume mucho tiempo y puede ser propenso a errores humanos.
Hay máquinas diseñadas específicamente para medir el número de colonias presentes en una placa de Petri. Estas máquinas proporcionan a los usuarios una salida que incluye números de conteo y crecimiento durante un período específico de tiempo. El uso de máquinas de conteo es útil en el entorno de laboratorio donde se gasta mejor el tiempo en actividades distintas al conteo manual y donde la precisión es de suma importancia. Las desventajas de usar máquinas de conteo incluyen los gastos y la funcionalidad potencialmente limitada del dispositivo, más allá de los simples propósitos de conteo.