Las tortugas respiran llevando oxígeno a los pulmones y liberando dióxido de carbono al exhalar. Las tortugas de agua retienen el oxígeno en sus pulmones durante más tiempo que otros animales, lo que les permite permanecer completamente sumergidas durante muchas horas sin correr fuera del aire.
Algunas tortugas también pueden usar sus cavidades anales para respirar. Estas tortugas llevan agua a sus cavidades anales donde los sacos recogen el agua y filtran el oxígeno. Esto permite que la tortuga permanezca sumergida sin tener que salir a la superficie por aire. Este método de respiración puede haberse desarrollado para proteger a la tortuga de los depredadores o para que actúe como una forma de respiración de respaldo en caso de que la tortuga no pueda salir a la superficie.