Dos aminoácidos en una proteína están unidos por un enlace peptídico o enlace amida. Los aminoácidos están unidos por el grupo alfa-carboxilo de uno con el grupo alfa-amino del otro . Las proteínas se componen de una serie de enlaces peptídicos unidos entre sí para formar cadenas polipeptídicas lineales.
Cuando dos aminoácidos se unen en un enlace peptídico, la reacción provoca la pérdida de una molécula de agua. Una cadena polipeptídica es polar porque tiene diferentes fines, con un grupo alfa-carboxilo en un extremo y un grupo alfa-amino en el otro. Las proteínas consisten en una cadena polipeptídica de entre 50 y 2.000 aminoácidos, unidas por enlaces peptídicos.