Los hongos saprotróficos absorben los nutrientes de la materia orgánica en descomposición. Liberan ácidos y enzimas que dividen el tejido muerto en partículas más pequeñas para que pueda ser absorbido. Estos hongos son extremadamente importantes para la cadena alimenticia porque ayudan a reciclar la materia muerta nuevamente en el suelo.
El comportamiento saprotrófico es una de las cuatro formas en que los hongos obtienen nutrientes. Las setas miorrícicas forman relaciones simbióticas con otras plantas y animales. Por lo general, la relación es mutualista, lo que significa que ambos organismos se benefician. El hongo teje alrededor de las células de la raíz de la planta o se envuelve alrededor de las propias raíces. El hongo proporciona humedad y nutrientes adicionales a la planta y, a su vez, obtiene acceso a los azúcares que produce la planta. Los hongos endófitos también forman una relación mutualista con una planta huésped. Sin embargo, tienen su propia categoría porque, a diferencia de los hongos miorrízicos, pueden cultivarse fácilmente en un laboratorio sin la presencia de una planta hospedadora. Los hongos parasitarios infectan y se alimentan de organismos vivos, matándolos eventualmente.
