Algunas de las plantas que se encuentran en el Océano Índico son especies de árboles de mangle en los bosques de manglares de Madagascar, las hierbas marinas costeras de la India y las macroalgas de Australia Occidental. El Océano Índico abarca una variedad de regiones ecológicas biológicamente diversas incluidas las costas orientales de África, Australia occidental y las costas del sur de Asia.
Madagascar, una gran isla situada cerca del sureste de África, está completamente rodeada por el Océano Índico y alberga una vegetación costera que se encuentra entre las más diversas del mundo. Sus árboles de mangle crecen a lo largo de las regiones intermareales del país y pueden ser identificados por las raíces que se entrelazan a lo largo de las mareas en las latitudes más cercanas al ecuador, al norte.
Los manglares indios abundan en todo el bosque de Sundarbans, ubicado cerca de las costas del suroeste del país y alrededor de la Bahía de Bengala. Las arenas que se acumulan alrededor de las desembocaduras de los ríos en la bahía pueden eventualmente convertirse en dunas durante las tormentas de los monzones para cultivar lechos de pastos marinos, que también crecen en praderas de lagunas en el Golfo de Mannar y las Islas Lakshadweep.
El estado de Australia Occidental también alberga poblaciones de pastos marinos alrededor de las aguas costeras que se extienden hacia el Océano Índico. Además de los pastos marinos, su flora acuática se compone de varias especies de algas, como el alga submareal roja, el alga verde marina y el alga parda, todas ellas nativas de los ecosistemas australianos.