Las proteínas se digieren en el estómago con la ayuda de las secreciones del páncreas y la vesícula biliar. Las proteínas que no se digieren completamente en el estómago se digieren en el intestino delgado.
Las proteínas son más difíciles de digerir que los carbohidratos, lo que implica más de un órgano digestivo. La enzima pepsina es esencial para la digestión de proteínas en el estómago y se crea cuando la proteína pepsinógeno entra en contacto con el ácido clorhídrico. La pepsina descompone las proteínas ingeridas en aminoácidos para su uso en el cuerpo. El páncreas, en asociación con el estómago, utiliza las enzimas tripsina y carboxipeptidasa para descomponer las proteínas ingeridas en el duodeno. Cualquier proteína restante se digiere completamente en el intestino delgado.