Un organismo no patógeno es un organismo que no causa enfermedades cuando se consume o cuando vive en un organismo huésped. Los organismos que pueden causar enfermedades son conocidos como "patógenos".
Los organismos no patógenos no solo son inofensivos para sus anfitriones, sino que también pueden ser beneficiosos. Algunas investigaciones han demostrado que las bacterias no patógenas pueden inhibir el crecimiento y la reproducción de bacterias dañinas, según MedicineNet. Muchos organismos no patógenos también pueden vivir en los tractos intestinales de los seres humanos y otros animales durante largos períodos de tiempo sin causar enfermedades o trastornos. Estos organismos incluyen protozoos no patógenos como Chilomastix mesnili, Endolimax nana y Entamoeba coli.