El concepto de especie filogenética define una especie como un grupo de organismos que comparte un ancestro común y puede distinguirse de otros organismos que no comparten ese ancestro. Como analogía, el concepto de especie filogenética afirma Que en el árbol de la vida, las especies son las ramitas distales. Esto contrasta con el concepto de especie biológica, que afirma que los organismos son de la misma especie si pueden cruzarse con éxito.
Los científicos aún no han ideado una definición perfecta para el término "especie". El concepto de especie filogenética es una de las alternativas propuestas al concepto actual de elección, el concepto de especie biológica. Si bien el concepto de especie biológica tiene sentido al tratar de determinar que un elefante y un ratón son especies diferentes, no es un indicador válido entre todas las especies. Muchos reptiles pueden reproducirse con éxito con otros grupos de animales que obviamente son especies diferentes. En algunos casos, las serpientes se han criado con serpientes de otras familias con éxito.
El concepto de especies filogenéticas coloca las relaciones evolutivas a la vanguardia de la discusión y evita los problemas asociados con la fertilidad. Sin embargo, el concepto de especies filogenéticas falla en otras áreas. Por ejemplo, las especies de anillos son colecciones de animales que han divergido entre sí hasta el momento que son incapaces de cruzarse pero que claramente comparten un ancestro común y único. Esto los convierte en una sola especie filogenéticamente, a pesar de que representan animales claramente diferentes.
