El aislamiento geográfico se refiere a la separación de dos poblaciones de la misma especie debido a algún tipo de barrera física. Esta separación de la población se produce cuando un cuerpo de agua o tierra se forma y divide un hábitat. El aislamiento geográfico de una especie también puede ocurrir cuando los animales migran a una isla aislada.
Un ejemplo de una población separada al aislamiento geográfico son los pinzones estadounidenses que migraron a las islas hawaianas. De esta población original de pinzones, 23 nuevas especies de honeycreepers son evidencia de especiación debido al aislamiento geográfico.
Sin embargo, el aislamiento geográfico también puede conducir a la reducción del flujo de genes, ya que estas poblaciones separadas de animales u organismos no pueden aparearse e intercambiar material genético. Los científicos creen que el aislamiento geográfico y reproductivo es la causa de la formación de nuevas especies.