Las actividades involuntarias están controladas por el sistema nervioso autónomo, cuyo componente principal es una parte del tronco cerebral llamada médula oblonga. Este sistema, como un subconjunto del sistema nervioso periférico, funciona fuera del El cerebro y la médula espinal están compuestos por los sistemas nerviosos simpático y parasimpático.
La médula oblonga controla directamente los latidos del corazón, la presión arterial, la respiración y la digestión. El sistema nervioso simpático controla la respuesta de "lucha o huida" del cuerpo, que aumenta rápidamente el flujo sanguíneo y la frecuencia respiratoria en respuesta al peligro o la excitación. El sistema nervioso parasimpático hace lo contrario; invierte los cambios realizados por el sistema nervioso simpático para calmar el cuerpo, aunque su respuesta es más lenta y se produce en el transcurso de unos minutos.