Lo ideal es que los montajes húmedos no tengan burbujas de aire porque los principiantes pueden tener problemas para distinguir las burbujas de la muestra cuando miran bajo el microscopio. La presencia de burbujas también puede evitar que los organismos vivos se muevan libremente. Otro problema es que las burbujas grandes pueden disminuir la resolución de visualización.
Los microscopios utilizados para ver montajes húmedos están diseñados para proporcionar la resolución de más alta calidad cuando la muestra se sumerge en agua. Si una gran burbuja de aire rodea el espécimen en lugar de agua, la calidad de la imagen se reduce. Otro problema con las burbujas de aire en los montajes húmedos es que parecen tener un anillo oscuro que rodea sus bordes debajo del microscopio. Este anillo oscuro puede cubrir una parte de la muestra, lo que dificulta su visualización.
Ciertos tipos de especímenes son más propensos a las burbujas de aire que otros. Las burbujas pueden quedar atrapadas fácilmente debajo de las muestras que tienen la forma de hojas grandes, como rodajas de piel de cebolla. Las muestras porosas también son propensas a las burbujas de aire porque sus poros se pueden llenar con aire antes de crear el montaje húmedo. Un vacío es útil para aspirar el aire de los poros. Las muestras con superficies grasas también forman burbujas de aire fácilmente, porque repelen el agua. La aplicación de alcohol a la muestra para eliminar la capa grasa puede ayudar a prevenir las burbujas de aire.
