Thomas Hunt Morgan utilizó moscas de la fruta para estudiar genética por varias razones. Primero, las moscas de la fruta tienen un ciclo de vida corto que dura un promedio de solo 30 días. Esto significa que los rasgos genéticos se pueden estudiar en docenas de generaciones en el transcurso de un año. Este ciclo reproductivo rápido es imposible de igualar en cualquier modelo de mamífero, incluso ratones o ratas. En segundo lugar, las moscas de la fruta producen grandes cantidades de descendientes.
Una mosca hembra de la fruta puede poner hasta 500 huevos en un solo lote. Dado que las moscas de la fruta pueden poner varios lotes de huevos en una vida, esto equivale a 2,000 o más crías, mucho más de lo que cualquier mamífero hembra podría producir. Una tercera consideración es el costo. Las colonias de moscas de la fruta son extremadamente baratas de mantener. Como mínimo, requieren una fuente de alimento, como fruta madura y un termostato ajustable. Curiosamente, las moscas de la fruta viven más tiempo a bajas temperaturas, pero se reproducen con mayor frecuencia a temperaturas superiores a 86 grados Fahrenheit.
Las ventajas adicionales de usar moscas de la fruta se hicieron evidentes a medida que pasaba el tiempo. Las moscas de la fruta contienen cuatro pares de cromosomas gigantes, conocidos como cromosomas de polieno, en sus glándulas salivales. Estos cromosomas son lo suficientemente grandes para ser vistos bajo un microscopio de luz, el tipo comúnmente usado en ese momento. Esta observación proporcionó evidencia sólida de que los genes, las unidades físicas de la herencia, se encuentran en los cromosomas.
Morgan y sus estudiantes también descubrieron que muchos genes que codifican rasgos como el color de los ojos, la forma de las alas y la longitud de las cerdas, se heredaron juntos en la mayoría de los descendientes de moscas de la fruta. Ocasionalmente, estos grupos de enlace, como los llamaba Morgan, se rompieron cuando los cromosomas de la mosca se mezclaron y combinaron partes durante la meiosis. Los científicos se refieren a estos eventos de cruce cromosómico como recombinación. Este proceso es una fuente importante de variación genética en todas las especies que se reproducen sexualmente.