No todas las especies de focas están en peligro de extinción, pero para las muchas especies que están en peligro de extinción, existen varias causas diferentes, que incluyen la caza, el cambio climático y los desastres naturales. Las poblaciones de muchas especies de focas han ido disminuyendo constantemente durante los últimos cientos de años debido a que los humanos han matado a millones de ellos por su piel, carne y grasa.
El entorno cambiante y la disminución en el hielo marino del Ártico debido al cambio climático también ha comenzado a causar estragos en muchas especies de focas, incluidas las focas manchadas, con barba, anilladas y de cinta. Conocidos colectivamente como focas de hielo, la disminución del hielo marino ha conducido a altas tasas de mortalidad de crías de foca, lo que pone a muchas de estas especies en peligro de extinción.
Los derrames de petróleo, la contaminación y otros factores humanos también han desempeñado un papel importante en el peligro para muchas especies de focas. Los nuevos virus también han diezmado la población de algunas especies, como la foca monje del Mediterráneo, que perdió más de dos tercios de su población total en 1997 debido a un virus. Algunas especies de focas también sufren una baja diversificación genética, lo que dificulta su adaptación a los cambios en su entorno.
Las focas monje del Mediterráneo son una de las cuatro especies de focas más amenazadas del mundo, junto con las focas monje hawaianas, las focas Saimaa y las focas de puerto de Lacs de Loups Marins, también conocidas como focas Ungava.
