Todas las bacterias patógenas, por definición, viven dentro del cuerpo humano, porque ese es el método por el cual causan enfermedades. Un patógeno es cualquier cosa que causa enfermedades en su huésped; sin el huésped, la enfermedad no es posible, ya que la enfermedad es un patrón de actividad dañina dentro del huésped.
Grandes cantidades de bacterias viven dentro del cuerpo humano. La mayoría son inofensivos, algunos son beneficiosos y otros son patógenos. Los tres grupos a menudo viven en las mismas ubicaciones corporales. Por ejemplo, el tracto gastrointestinal humano es especialmente rico en bacterias, incluidas las especies que generalmente se consideran patógenas, como la E. coli.
No todas las cepas de E. coli causan intoxicación alimentaria, y de hecho, la mayoría son inofensivas. Es solo cuando el cuerpo se desequilibra debido a una condición crónica, como la desnutrición, que las bacterias patógenas son capaces de afianzarse e invadir bacterias inofensivas o beneficiosas en estas áreas del cuerpo. En otros casos, las bacterias patógenas invaden deliberadamente partes del cuerpo que normalmente están libres de bacterias, como ocurre con la meningitis bacteriana.
Las bacterias en general son un grupo de organismos extremadamente resistente y de gran alcance. Viven en casi todos los entornos concebibles, y están presentes en todos los sistemas de agua y suelo de toda la Tierra. Las bacterias patógenas no siempre están claramente separadas de otros grupos bacterianos no patógenos, excepto en su patrón de causar enfermedades y daños a sus huéspedes. Las bacterias patógenas portan genes de virulencia, pero a veces los patógenos y los no patógenos están estrechamente relacionados, se comportan de la misma manera y viven en los mismos entornos. Por ejemplo, las bacterias que causan el cólera solo se diferencian de las cepas inofensivas al llevar algunos genes que permiten que las bacterias produzcan una toxina peligrosa.
