Según la base de datos de reptiles, la mayoría de las serpientes tienen 36 pares de cromosomas. Veinte de los cromosomas se consideran microcromosomas, mientras que el resto se llaman macrocromosomas. Sin embargo, el término "serpientes" se refiere a más de 3,400 especies diferentes y muchas no han estudiado su cariotipo, por lo que puede existir alguna variación.
A diferencia de muchos reptiles, como los cocodrilos, las tortugas y algunos geckos, el género de las serpientes está determinado por sus cromosomas, en lugar de las condiciones ambientales que rodean a los huevos en desarrollo. Sin embargo, las serpientes exhiben un patrón inverso que el que demuestran los humanos. Mientras que los machos humanos son el sexo heterogamético, con un cromosoma X e Y, las serpientes femeninas son el sexo heterogamético y presentan un cromosoma Z y W.