Los perros tienen 39 pares de cromosomas, para un total de 78. Esto funciona en 76 autosomas y dos cromosomas sexuales. Al igual que con otros mamíferos, el cariotipo de los perros machos es XY, mientras que el cariotipo de las hembras es XX.
Aunque los perros tienen 39 pares de cromosomas (en comparación con 23 pares para los humanos), los perros tienen menos genes en general. Los investigadores que secuenciaron el genoma canino han identificado alrededor de 19,000 genes de perros en comparación con los 25,000 o más genes en el genoma humano. A pesar de tener 6,000 genes menos que los humanos, los perros exhiben una amplia gama de fenotipos, desde animales tan grandes como un gran danés o San Bernardo hasta perros de juguete que no pesan más de unas pocas libras. Los genetistas creen que el genoma canino puede ser especialmente propenso a duplicaciones de genes y reordenamientos cromosómicos en comparación con los genomas de los humanos y otros mamíferos.