El ecoturismo puede aportar los fondos necesarios para los esfuerzos de conservación en todo el mundo, pero también puede poner estrés en la vida silvestre y las poblaciones locales, si no se maneja correctamente. Cuantos más visitantes tenga un ecosistema frágil cada año, mayor será la probabilidad de que el tráfico dañe los hábitats y afecte el entorno local. El ecoturismo también puede traer inversión externa y desarrollo a una región al costo de empleos e infraestructura locales.
Una de las principales desventajas del ecoturismo es que a menudo convierte la economía local en una economía turística, ahogando las perspectivas económicas naturales del área en favor de atender a los extranjeros ricos. Esto puede destruir la industria local y la agricultura, ya que los trabajadores encuentran mejores salarios para los huéspedes y pueden llevar a una espiral económica descendente. Una afluencia externa de efectivo puede compensar esto un poco, pero hace que la economía local sea totalmente dependiente de los fondos extranjeros, que es una situación económica precaria.
Los departamentos de turismo deben lograr un equilibrio entre el acceso a la fauna rara y la protección de plantas y animales en peligro de extinción. Si los turistas no pueden ver hábitats raros y sus ocupantes, no hay razón para visitar el área, pero demasiado tráfico puede tener un efecto negativo. Si están mal regulados, los guías locales pueden ofrecer a los visitantes la oportunidad de evitar las actividades reguladas, posiblemente dañando a los animales en el centro de la industria del ecoturismo.
