El uso de ultrasonido en medicina tiene varios inconvenientes, uno de los cuales es el error potencial del operador. Algunas máquinas también producen imágenes con resolución limitada.
El ultrasonido no se puede usar para estudiar cualquier parte del cuerpo que contenga gas, por lo que no es una herramienta útil para diagnosticar problemas del pulmón y el tracto digestivo. Este tipo de estudio también es muy limitado cuando se usa para identificar fracturas y otros problemas con los huesos.
El sitio web de CancerQuest dice que algunas ecografías pueden producir falsos positivos, lo que hace que los pacientes se realicen biopsias y otros procedimientos invasivos que no son necesarios. El ultrasonido tampoco puede detectar la calcificación del tejido mamario, por lo que es menos útil para detectar algunas formas de cáncer de mama.