Eubacteria es un enorme y diverso reino de microbios procarióticos que incluye clamidia, E. coli y cianobacterias. Se usan organismos eubacterianos para hacer queso y vino. Pueden causar infecciones graves en humanos y, a veces, como en el caso de la flora intestinal humana, cambian rápidamente de útiles a dañinas.
Las eubacterias son todas procariotas. Esto significa que los miembros de este reino, que es tan grande y diverso como el reino animal y vegetal, carecen de un núcleo celular y generan energía sin las relaciones simbióticas que definen a los eucariotas.
Las cianobacterias, un tipo de eubacterias, se encuentran entre las primeras formas de vida que aparecieron en el registro fósil. Los estromatóforos coloniales estaban construyendo grandes montículos, llamados estromatolitos, en la Tierra hace 3 1/2 billones de años. Estas algas azul-verdes, como se las llama a menudo, fueron las primeras productoras de oxígeno en la Tierra, y siguen siendo fundamentales para mantener el equilibrio de la atmósfera terrestre. Algunas cianobacterias fijan el nitrógeno directamente del aire, enriqueciendo el suelo y permitiendo que las plantas prosperen.
Las eubacterias nocivas existen como parásitos. La clamidia y las espiroquetas responsables de la sífilis son dos ejemplos de eubacterias destructivas. E. coli es posiblemente otro bacilo dañino. Esta especie normalmente reside en el intestino, donde ayuda a la digestión, pero puede llegar a ser peligrosa en ciertos casos. La E. coli resistente a la vancomicina es una infección común que se encuentra en las salas de hospital.