Las eubacterias y las arquebacterias tienen varias diferencias biológicas clave, principalmente en la estructura de la membrana y la pared de sus células. Las eubacterias y las arquebacterias tienen estructuras celulares generales similares, pero la composición y el diseño de esos componentes celulares es notable diferente. Las arcas, al igual que las eubacterias, carecen de membranas internas y utilizan flagelos para maniobrar, pero tienen paredes celulares compuestas de peptidoglicano.
Además de diferir en sus estructuras celulares, las eubacterias y las arqueas tienen diferentes flagelos. Los flagelos encontrados en archaeabacteria se derivan de la variedad bacteriana de pili tipo IV, mientras que los flagelos de eubacterias provienen del sistema de secreción tipo III. Eubacteria flagellum es delgada y de apariencia similar a un tallo, con un centro hueco y compuesto por pequeñas subunidades. Los que se encuentran en las arqueas, por el contrario, son más cortos, más anchos y están unidos directamente a la base. Ambos organismos se reproducen asexualmente a través del proceso de fisión binaria, seguido de brotes y fragmentación. Sin embargo, las eubacterias continúan formando esporas que pueden permanecer latentes durante varios años; Este rasgo no es expresado por Archaea. Las eubacterias y las arqueabacterias comparten varios hábitats superpuestos, como las fuentes termales, dentro de la corteza terrestre, y en los cuerpos de las plantas, los animales y los seres humanos. Ambas están adaptadas a la vida en condiciones difíciles, pero las eubacterias prefieren los climas húmedos, mientras que las archaeabacterias disfrutan de lugares cálidos y secos
