Los sacerdotes franciscanos fundaron la Misión San Juan Capistrano para expandir la influencia española en el área y convertir a los pueblos indígenas al cristianismo. Cuando México se independizó, el gobernador local vendió la misión a una familia privada, pero después de que California se convirtió en un estado, el presidente Abraham Lincoln devolvió la misión a la Iglesia Católica.
El padre Fermin Lasuen intentó por primera vez fundar la misión en 1775, pero después de escuchar un levantamiento indígena en San Diego, los sacerdotes enterraron las campanas de la misión y abandonaron el sitio. El padre Junípero Serra recuperó las campanas y fundó oficialmente la misión el 1 de noviembre de 1776. Cuando los indios locales, el Juaneno, ayudaron a construir la iglesia y otros edificios, los sacerdotes los hicieron proselitismo. Los indios que se bautizaron se vieron obligados a cambiar sus nombres y costumbres sociales, aprender el idioma español y la doctrina católica, y seguir las estrictas reglas impuestas por los sacerdotes, incluso no abandonar la misión sin permiso. Para 1806, la misión estaba floreciendo y tenía más de 1.000 habitantes. Después de ese período de tiempo, la misión comenzó a declinar.
En 1812, un terremoto destruyó la iglesia de piedra de la misión. En 1845, el gobernador mexicano vendió la misión a su cuñado, John Forster, y fue utilizado como un rancho. California se convirtió en un estado en 1850, y en 1865, Lincoln firmó un documento que cedía la propiedad de la Iglesia Católica. A lo largo del siglo XX se sometió a una extensa restauración. Un museo y una iglesia están en el sitio desde 2015, y muchos visitantes vienen a ver la migración anual de las golondrinas de Capistrano.
