Algunos ejemplos de bacterias patógenas son Bacillus anthracis, Escherichia coli, Mycobacterium tuberculosis, Salmonella y Vibrio cholerae. Estos patógenos particulares se transmiten fácilmente a través del agua, y antes de los métodos modernos de tratamiento de agua, eran capaces de Transmisiones rápidas a través de poblaciones enteras, lo que resultó en cientos de muertes. Uno de los patógenos más letales es Mycobacterium tuberculosis, que sigue causando alrededor de 2 millones de muertes en todo el mundo cada año, la mayoría de las cuales se producen en el África subsahariana.
Las bacterias patógenas prosperan a temperaturas entre 68 y 104 grados Fahrenheit, un rango que puede ser acomodado por la temperatura normal del cuerpo humano de 98.6 grados. Cuando las bacterias patógenas se adhieren a las células huésped humanas, pueden causar daño directo mientras usan esas células como fuente de nutrientes. La multiplicación de bacterias dentro de las células huésped también puede hacer que las membranas celulares se revienten.
Uno de los efectos dañinos causados por las bacterias patógenas puede provenir de las toxinas que producen. Ciertas proteínas, llamadas exotoxinas, se producen como parte de sus procesos metabólicos normales. La exotoxina producida por Clostridium botulinum, por ejemplo, es uno de los venenos más mortíferos conocidos. Se ha demostrado que una cantidad de 1 miligramo de la exotoxina botulínica letal es suficiente para matar 1 millón de animales de prueba de laboratorio. En ciertas enfermedades, el daño causado por las bacterias patógenas no es causado por las bacterias en sí, sino que es el resultado de las exotoxinas que producen.