El desierto patagónico es el hogar de animales como la mara patagónica, la viscacha y el zorro gris sudamericano. El zorro gris sudamericano es un generalista de hábitat, por lo que se encuentra en una variedad Hábitats, incluido el desierto. Estos omnívoros nocturnos consumen cualquier alimento que puedan encontrar, incluidos conejos, roedores, bayas, semillas, huevos e insectos.
Una de las especies más importantes en el desierto patagónico es el guanaco, un mamífero parecido a un camello relacionado con llamas y alpacas. Muy adaptados para hábitats abiertos con climas severos, los guanacos son navegadores que consumen una variedad de especies de plantas. Si bien son animales característicos del desierto, los guanacos también habitan en los hábitats de estepas y matorrales.
La mara patagónica es una especie herbívora que se alimenta principalmente de pastos. Si bien la composición exacta de la dieta de la mara varía de un lugar a otro, el Departamento de Zoología de la Universidad de Michigan señala que los pastos representan aproximadamente el 70 por ciento de su dieta, independientemente del área en que viven. y mide alrededor de 28 pulgadas de largo.
Las cavies de las montañas del sur habitan en los desiertos y en los hábitats montañosos. Las cavies de montaña son herbívoros diurnos que consumen principalmente hojas. Los cavies son excelentes escaladores y encuentran gran parte de su comida muy por encima del suelo.