Algunas desventajas de los antibióticos incluyen la ineficacia contra los virus, las posibles interacciones de los medicamentos, el uso indebido frecuente, el uso excesivo y los posibles efectos secundarios. Además, el uso generalizado de antibióticos puede hacer que las bacterias se conviertan en cepas resistentes a los antibióticos.
La resistencia a los antibióticos es la capacidad de una bacteria para soportar altas dosis de antibióticos y transmitir esa capacidad a las generaciones posteriores. Además, las bacterias resistentes a los antibióticos pueden transferir su inmunidad, a través de plásmidos, a otras cepas y especies de bacterias. Las superbacterias son bacterias que ya no responden al tratamiento con antibióticos. A partir de 2014, la tuberculosis multirresistente o MDR-TB es una sustancia que causa 1/2 millón de casos nuevos cada año.
Los antibióticos a veces causan interacciones de medicamentos que hacen que un medicamento sea ineficaz, cause efectos secundarios o dañe los sistemas biológicos de un paciente. Mezclar alcohol con antibióticos puede disminuir su efectividad o causar náuseas, vómitos y efectos respiratorios. Los antibióticos a veces hacen que las pastillas anticonceptivas sean ineficaces. Se sospecha que la rifampicina tiene este efecto debido a la descomposición acelerada del hígado de los ingredientes activos de la píldora. La combinación de quinolona y corticosteroides puede causar daño en el tendón.
El mal uso y el uso excesivo son dos problemas comunes. En el pasado, los médicos recetaban antibióticos antes de determinar si una infección era bacteriana o viral. Los agricultores y los veterinarios todavía usan antibióticos profilácticos en el ganado que promueven la evolución de las superbacterias. Los pacientes a menudo tampoco toman antibióticos según lo prescrito, lo que permite que se desarrollen cepas resistentes.
Los antibióticos pueden causar efectos secundarios, como fiebre, diarrea, náuseas, reacciones alérgicas y desequilibrios fisiológicos, que conducen a infecciones secundarias.