Los efectos duraderos de la conquista española en América Latina incluyeron la aniquilación de poblaciones nativas y la supresión de sus idiomas, historias y culturas. Los que sobrevivieron fueron fuertemente influenciados por el idioma español, la religión, el arte y la arquitectura.
Uno de los mayores efectos duraderos de la incursión española en América Latina fue la devastadora pérdida de las poblaciones indígenas. Algunos de los principales culpables fueron la viruela y otras enfermedades contra las cuales los nativos no tenían defensa. Además, el sistema de encomienda de la esclavitud forzada de los habitantes locales mató a muchos más nativos a través del trabajo duro y la privación.
Los líderes nativos existentes fueron asesinados o despojados del poder, dejando a las sociedades indígenas sin las estructuras sociales de las que dependían. Los sacerdotes españoles prohibieron la religión y la cultura locales y quemaron historias escritas, dejando un vacío cultural. Como resultado, las sociedades indígenas cuyos habitantes eran millones antes de la conquista española fueron marginadas o eliminadas.
En ausencia de alternativas indígenas, la lengua y la cultura españolas se volvieron dominantes en América Latina. El español se convirtió en el idioma principal en muchos países latinoamericanos. Cuando se introdujo por primera vez, muchos sudamericanos nativos fusionaron el catolicismo romano con sus prácticas religiosas tradicionales. Con el tiempo, la religión católica romana se convirtió en la influencia teológica predominante en América Latina. La arquitectura española formó la base de muchas estructuras, y la planificación urbana se basó en el diseño de una plaza o plaza de la ciudad en medio de un municipio.