Uno de los efectos más significativos del imperialismo español en América Latina fue la devastación de los pueblos indígenas. La conquista española de América del Sur y Central redujo la población local de aproximadamente 50 millones de personas a aproximadamente 8 millones.
Aunque muchos indígenas murieron mientras resistían las invasiones españolas, la mayoría de las muertes se debieron a la propagación de enfermedades europeas. Los nativos americanos nunca habían estado expuestos a estas enfermedades y no tenían inmunidad natural contra ellas, causando que las enfermedades comunes como el sarampión y la tos ferina tengan consecuencias mortales. Muchos de los que sobrevivieron a las enfermedades fueron obligados a la esclavitud por parte de los españoles, lo que llevó a más muertes debido a la desnutrición y el exceso de trabajo.
El imperialismo español en América Latina también enriqueció a España y ayudó a financiar sus guerras contra otras potencias europeas. Los colonos españoles buscaron metales preciosos y gemas, utilizando mano de obra esclava para extraer grandes cantidades de plata y otros materiales valiosos.
La participación de España en América Latina también ayudó a impulsar el comercio transatlántico de esclavos. Los colonos españoles creían que los indígenas eran poco aptos para trabajar en minas, por lo que importaban esclavos africanos para trabajar. España no fue la única potencia europea en utilizar esclavos africanos en sus colonias americanas, pero fue un gran comprador. Esto contribuyó a la devastación y desestabilización a largo plazo en África. También llevó a cambios en la demografía y la cultura de América Latina como esclavos africanos mezclados con poblaciones indígenas.