Las colonias del sur tenían muchas religiones diferentes, pero eran principalmente anglicanos o bautistas. Las colonias medias también tenían muchas religiones diferentes, que incluían católicos, judíos y cuáqueros.
Las leyes originales de las colonias obligaron a las personas a asistir a una clase de iglesia y también a pagar impuestos que ayudaron a pagar por las iglesias. Más tarde, los colonos decidieron volverse más tolerantes a la religión y separar a la iglesia del estado. Curiosamente, por toda su importancia, la separación de iglesia y estado no está explícitamente escrita en ninguna de las leyes fundadoras, incluida la Constitución de los Estados Unidos. La idea de la "separación de iglesia y estado" apareció por primera vez cuando los bautistas de Virginia querían que los anglicanos que vivían en la zona tuvieran tolerancia religiosa.