Los protistas sirven para numerosos propósitos en el ecosistema, incluyendo la producción de entre el 70 y el 80 por ciento del oxígeno del mundo, siendo la principal fuente de alimento para los animales acuáticos y un importante agente de descomposición de material muerto. a 300 pies de largo, como en el caso de las algas gigantes de los bosques de algas en el Océano Pacífico.
Los protistas también desempeñan un papel en el ecosistema debido a su papel en las enfermedades. Algunas de las enfermedades con las que están asociadas incluyen la malaria y la enfermedad del sueño. Los protistas también pueden usarse para crear vacunas para estas mismas enfermedades. También hay algunos usos cotidianos más simples para protistas, incluidos espesadores de sopa, filtros y productos para pulir.