Mansoura University explica que los productos finales de la digestión de proteínas en el intestino delgado son aminoácidos. Los aminoácidos se absorben en el torrente sanguíneo a través de las paredes del intestino con la ayuda de proteínas transportadoras o Otros mecanismos. Esta digestión se encuentra al final de un proceso de varios pasos durante el cual las proteínas se desnaturalizan y se descomponen progresivamente en sus péptidos constituyentes mediante una secuencia de enzimas.
La Universidad de Mansoura afirma que el primer paso químico hacia la digestión de proteínas ocurre en el estómago. El estómago es el primer órgano que almacena alimentos sólidos, sobre los cuales libera jugo gástrico, una mezcla de ácido clorhídrico y enzimas. El ácido comienza el proceso de desnaturalización, que es la descomposición del plegamiento secundario y terciario de las proteínas. También activa la pepsina, una importante enzima que ataca a las proteínas. Específicamente, la pepsina rompe el enlace peptídico en los aminoácidos aromáticos. En el momento en que las proteínas abandonan el estómago, se dividen en grandes polipéptidos y otros compuestos, como las proteosas y las peptonas.
Una vez en el intestino delgado, se liberan jugos pancreáticos e intestinales que contienen más enzimas. La Universidad de Mansoura explica que cada enzima en el jugo pancreático actúa sobre una categoría diferente de aminoácidos, y cada enzima en el jugo intestinal actúa sobre polipéptidos de diferentes longitudes.