Un cigoto contiene dos conjuntos de cromosomas, uno de cada padre. Los dos pares de cromosomas suman 46 cromosomas totales en humanos.
Un cigoto es el resultado final de la combinación de dos células sexuales. Esto ocurre durante la fertilización, cuando una célula espermática del macho fertiliza el óvulo de una hembra. Cada célula sexual contiene 23 cromosomas. Los cromosomas determinan el sexo de la descendencia. La célula sexual masculina contiene una X o Y, mientras que la célula femenina solo tiene un cromosoma X. Si una célula masculina fertiliza una célula sexual femenina con un cromosoma Y, la descendencia es masculina.