Cuando un individuo se refiere al reino de los hongos, los hongos es el nombre científico correcto para todos los organismos que se clasifican como hongos. Los hongos del reino se pueden dividir en subnónimos, phyla y subphyla.
Por ejemplo, el phylum chytridiomycota contiene algunos de los primeros hongos evolucionados. Otro phylum, zygomycota, consiste en hongos que habitan la tierra que solo tienen septos en áreas reproductivas. El phylum ascomycota incluye levaduras y mohos.
Cada especie de hongo tiene un nombre científico. Amanita flavoconia, una especie de hongo, es parte del orden agaricales y el phylum basidiomycota, además de los hongos del reino.
